A公司的控股股东王某甲系B公司控股股东王某乙的父亲，现A公司与王某乙达成股权转让协议，收购王某乙持有的B公司60%股权，现A公司股东丙向法院提起诉讼，诉请王某甲和王某乙赔偿A公司损失。A公司和B公司均为非上市公司。

根据《公司法》第二十一条规定，公司的控股股东、实际控制人利用其关联关系损害公司利益，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。因此，只有关联交易给公司造成损害后果，涉事当事人才应当承担赔偿责任。由此可见《公司法》并未完全禁止关联交易，其立法目的是防止利用关联关系损害公司利益。

关联关系是指公司控股股东、实际控制人、董监高与其直接或间接控制的企业之间的关系，以及可能导致公司利益转移的其他关系。上述案例中，王某甲系王某乙的父亲，二者系直系亲属，双方构成关联关系。故，本次A公司购买王某乙持有的B公司60%股权应认定为关联交易。

另根据最高人民法院关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定（五）第一条之规定：“关联交易损害公司利益，原告公司依据民法典第八十四条、公司法第二十一条规定请求控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员赔偿所造成的损失，被告仅以该交易已经履行了信息披露、经股东会或者股东大会同意等法律、行政法规或者公司章程规定的程序为由抗辩的，人民法院不予支持。”根据上述规定，判断本次股权收购交易是否给A公司造成损失，如仅以本次交易A公司已履行章程规定程序为由抗辩，无法实现抗辩的目的，故仍需从交易价格是否公允的角度进行分析。

一般情况下，非上市公司的股权价值很难进行公允的判断。鉴于A公司本次股权转让交易的对方为自然人王某乙，对于其个人股转转让，不妨从税务角度看。税务部门为了防止不合理避税（偷税漏税），对于股权转让收入低于股份（股权）对应的净资产价值的，就是属于明显偏低的情况之一。根据国家税务总局2014年发布的《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》就股权转让收入明显偏低的情形进行了列举，故在判断交易价格时可以参考。（一）申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的；（二）申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；（三）申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的；（四）申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的；（五）不具合理性的无偿让渡股权或股份；（六）主管税务机关认定的其他情形。

为此，对于股权转让价格是否低于股份（股权）对应的净资产值是判断交易价格是否公允的重要方法，如A公司在购买王某乙股权时以B公司净资产值为依据确定交易价格，那么本次关联交易公允，没有给A公司造成损失，故王某甲不应当承担赔偿责任。

如本次股权转让交易价格高于B公司的净资产值，那么本次交易将构成实质上的关联交易，其赔偿范围应当是关联交易价格与已查明公允交易价格之间的差额。该部分差额即为关联交易对A公司造成的损失，应由涉事责任人王某甲向A公司进行赔偿。

声明：本文观点系作者个人观点，仅用于交流讨论目的，供读者参考，并非元正盛业律师事务所正式法律意见或建议。如您有相关法律问题的意见交流或需要法律服务，请与本所或作者联系。